האיגוד הינו חלק בלתי נפרד מההסתדרות הרפואית בישראל (הר"י), מוקם מתוקף תקנון הר"י ויונק את סמכויותיו מתקנות אלו.
כל תקנה מתקנות האיגוד שאינה מתיישבת, ו/או סותרת, ו/או מתנגדת לתקנות הר"י, מדיניותה ו/או פעולותיה, בטלה מעיקרה.
כל החלטה ו/או פעולה של האיגוד שאינה מתיישבת ו/או סותרת ו/או מתנגדת להחלטות הר"י, מדיניותה או פעולותיה – בטלה.